Pelaksanaan penjaminan mutu internal di UIB di mulai dengan dibentuknya Quality Assurance Center pada tahun 2006 berdasarkan SK Rektor No. 022/R/KEP-UIB/IV/2006. Quality Assurance Center bertugas untuk menetapkan, melaksanakan, mengevaluasi, mengendalikandan meningkatkan standar mutu di bidang pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan pelayanan. Quality Assurance Center (QAC) dibantu oleh unit Satuan Pengendali Internal (SPI) dalam menjalankan penjaminan mutu di bidang non-akademik. Pelaksanaan penjaminan mutu dilakukan dengan berdasarkan pada pendekatan PDCA (Plan-Do-Check-Action). Dengan berkembangnya paradigma penjaminan mutu perguruan tinggi, dan pentingnya peran SPMI dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi, maka pusat penjaminan mutu berkembang menjadi sebuah lembaga dibawah koordinasi rektorat secara langsung. Pada awal tahun 2021, QAC berubah nama menjadi Lembaga Penjaminan Mutu Internal (LPMI). LPMI bertanggung jawab dalam pelaksanaan penjaminan mutu baik akademik maupun non-akademik dengan pendekatan PPEPP (Penetapan-Pelaksanaan-Evaluasi-Pengendalian-Peningkatan).